Структура и штатное расписание центрального аппарата ФТС России утверждаются руководителем ФТС России в пределах установленной Правительством Российской Федерации численности должностных лиц и бюджетных ассигнований, предусмотренных в федеральном бюджете на оплату труда.
Структура центрального аппарата ФТС России включает руководство ФТС России:
Структурными подразделениями по защите государственной тайны, а также по организации мероприятий по мобилизационной подготовке и мобилизации могут являться отделы ФТС России. В главных управлениях (управлениях) ФТС России образуются отделы.
В случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации, в главных управлениях (управлениях) ФТС России могут быть образованы службы. В штатное расписание центрального аппарата ФТС России включаются должности сотрудников, федеральных государственных гражданских служащих, предусмотренные законодательством Российской Федерации и нормативными правовыми актами ФТС России.
Динамика изменения количества управлений ГТК/ФТС России по годам представлена на диаграмме рис. 2.2.
Структура Центрального аппарата (ЦА) ФТС России включает в себя:

Каждое управление закреплено за руководящим составом ФТС России – руководителем и его заместителями. Закрепление управлений ЦА ФТС России представлено на рис. 2.33

Контролем и инспектированием деятельности таможенных органов, обеспечением ведения организационно-структурной работы в таможенных органах и организациях, контролем деятельности отдела организации и несения оперативно-дежурной службы ФТС России, РТУ, организацией силового обеспечения, организацией планирования деятельности таможенных органов и организационным обеспечением деятельности коллегии ФТС России занимается Главное организационно-инспекторское управление.