В аудиторской деятельности также имеют место и методы организации проверок (сплошная, выборочная, комплексная, целевая, экспертная оценка).
При выборочной проверке документы проверяются по выбору проверяющего. В современной практике применяются комплексные аудиторские проверки.
Основными их задачами является всесторонняя документационная проверка предприятий и финансово-хозяйственной деятельности организаций, состояние их экономики, проведение углублённого анализа финансового состояния.
Экспертная оценка бухгалтерских документов организаций проводится аудитором по поручению государственных органов при наличии у них уголовных, гражданских дел, или дел, рассмотренных в арбитражном суде.