Качественная обработка сводится к точному определению видовой принадлежности, входящих в его состав организмов по специальным определителям. При этом рекомендуется обирать качественные пробы-дублеры, которые не фиксируют. Их обрабатывают по возможности сразу после сбора.
Перед обработкой нефиксированную пробу концентрируют центрифугированием или удалением большей части воды с помощью сифона. Каплю осадка чистой пипеткой переносят на предметное стекло и просматривают вначале под бинокуляром, а затем под микроскопом. Виды, не требующие определения в живом состоянии, исследуют из фиксированных качественных проб.
В «бедных» планктоном водах организмы подсчитываются в пробе целиком. Для этого часто используют камеру Богорова. В больших пробах ограничиваются подсчетом небольшой порции планктона с последующим пересчетом на всю пробу.
Затем определяют численность (количество организмов в 1м3). В простейшем случае, для проб, собранных с помощью сети Апштейна, расчет производится по формуле:
