С июля 2004 г. пожизненное лишение свободы стало применяться не как альтернатива лишению свободы, а в качестве самостоятельного наказания. Согласно ч. 1 ст. 57 УК РФ пожизненное лишение свободы устанавливается за совершение особо тяжких преступлений, посягающих на жизнь, а также за совершение особо тяжких преступлений против общественной безопасности.
Наоборот, численность лиц, содержащихся в имеющихся на 1 января 2006 г. пяти колониях особого режима, составляла 1591 человек (против 1799 по состоянию на 1 января 2004 г.).
Это обусловлено гуманистическими началами уголовной политики в отношении женщин и несовершеннолетних; что касается престарелых лиц мужского пола, то здесь на первое место выходят вопросы целесообразности применения этого вида наказания к данной категории осужденных.
При замене пожизненного лишения свободы в силу актов помилования или амнистии лишением свободы на определенный срок осужденные переводятся для дальнейшего отбывания наказания в обычные ИК особого режима или в тюрьму.