Другим видом государственного образовательного учреждения является автономное учреждение.
Согласно Федеральному закону автономным учреждением признается некоммерческая организация, созданная Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях осуществления предусмотренных законодательством РФ полномочий органов государственной власти.
К преимуществам автономного учреждения с точки зрения самого учреждения относятся:
Автономное учреждение вправе получать банковские кредиты, открывать счета в коммерческих банках, получать дивиденды, приобретать акции.
Как следствие, у автономного учреждения есть возможность для повышения качества оказания услуг и соответственно привлечения большего числа потребителей и получения больших сумм платежей за оказание платных услуг.
Доходы автономного учреждения остаются в его самостоятельном распоряжении, используются им для достижения целей, ради которых оно создано, не относятся к доходам бюджета.Заработанные автономным учреждением денежные средства и приобретенное за счет них имущество (здания, оборудование и др.) не могут быть переданы другим государственным (муниципальным) организациям.
Автономные учреждения не обязаны осуществлять все операции с безналичными денежными средствами через лицевые счета, открытые в федеральном казначействе, что будет способствовать значительному повышению мобильности финансовых потоков и тем самым сможет оперативно решать неотложные вопросы.